问题一：根据《司法解释》第4条的规定，我们是否可以这样理解：施工合同被认定无效后，人民法院可以凭职权收缴当事人已经取得的非法所得，而如果是仲裁案件，仲裁委员会则无权收缴。
答：我个人认为仲裁处理该类案件是同样应当把《司法解释》第四条规定作为法律依据的。因为《合同法》《民法通则》都有对无效合同当事人非法所得进行收缴的相关规定，如果收缴这部分非法所得在法院处理时可行，在仲裁时不处理，在理论上是讲不通的，在实践中也是行不通的。
这个问题与法院和仲裁在处理优先受偿权时碰到的问题有些相似。当时，在最高院颁布有关工程价款优先受偿权的司法解释后，也有人提过相同的问题，即该司法解释规定行使优先受偿权的拍卖工程应由法院处理，那么仲裁案件时能否判优先受偿权 当时有人就说仲裁不能裁，因为合同法第286条规定是“人民法院依法拍卖”。而实际上，仲裁庭还是可以裁决的,只是裁决完了要由法院去执行，而且仲裁对收缴非法所得做出裁决后由法院去执行，和仲裁裁决本来就由人民法院执行也是不相冲突的。
问题二：施工合同签订后，双方以补充协议的方式对中标的合同价款进行调整，如果当时双方都认为补充协议确未违反双方的真实意思表示，而过后承包人又以补充协议违反招投标法为由，要求认定补充协议无效，这时如何确定合同价款
答：这本身就是黑白合同的认定问题。《司法解释》规定，中标合同备案后，当事人不得就合同中实质性内容另行约定，应以中标合同为准。当然，这并不是说合同签订后就不能变更了，按《合同法》的规定，合同签订后当然可以变更，只是补充协议对实质性内容进行变更后也需要再次备案，只有进行了重新备案后才能作为依据。这个问题就像是夫妻结婚后可以离婚可以再结婚一样，这是你的自由，只是每次都要去履行登记手续，未履行这个手续就是非法的。当然，黑白合同和是否是真实意思表示不能相提并论。在实践中，有的黑合同并非当事人的真实意思表示，是承包人出自无奈或者为了中标或承包工程而不得已而为的。我认为《司法解释》第21条规定的本意是限制当事人以真实意思为由规避法律和政府的相关规定，这是法律对当事人的不正确的“真实意思”的干予。因此，履约过程中如要签订与中标合同实质性内容发生变更的补充协议的关键是要有法定的变更事由并同样办理备案手续。
问题三：建设工程《示范合同》中关于确定变更价款的31.2款中约定：承包人在双方确定变更事项后的14天内，不向工程师提出变更工程价款报告时，视为该项变更不涉及合同价款的变更。据此提出以下问题：承包人在14天内没有提交变更价款的专项报告,但有双方签字确认的变更事项记录，月进度款的报告中也包括了该月发生的变更工程价款金额，这是否可视为承包方未违反上述合同的约定
答：这涉及到变更的签证确认及具体操作问题。有的变更签证只是确定一个事实，上面写着“情况属实”甚至“收到”，这和确定合同变更的具体金额价款是不同的概念。因此，我认为关键是看变更的签证手续应该如何规范操作。如果对签证具体价款变更已经作了明确约定的，那就作为合同结算依据加进去就是了;如果签证只是确定了具体事实而未确定变更价款的，那么就以图纸为依据来确定变更价款，按照《司法解释》第16条和第19条来操作，也即当事人对变更的价款不能协商一致，可以提交鉴定单位确定。这里要注意的是，有些合同约定要在7天内提出变更的价款，但还要看双方是否对7天期限作了明确约定。如果没有，则可以看合同是否有默示条款。如果没有合同约定也没有默示条款，那么7天期限就不应限制当事人，即便过了7天期限，仍可继续提出变更价款请求，其适用的是时效依据，即不超过二年。
问题四：依据解释第20条规定的内容，如果当事人仅仅约定了竣工结算的期限，而没有约定承包商提交决算报告后，发包人"在约定期限内不予答复，视为认可竣工结算文件"的，如何处理 另：“不予答复”如何理解
答：《司法解释》第20条的立法用意是有效制约逾期不结算工程价款，鼓励双方对结算期限的法律后果作明确约定，以体现“过期视为认可”这样一种原则,这对制约某些发包人以拖延决算为手段达到拖延支付工程款的目的是有重要意义的。但如果合同仅仅约定了期限而没有约定逾期后的法律后果——过期视作认可，实际上等于没有充分利用“司法解释”这一精神，自然视为没有约定。关于"不予答复"的理解，我认为是发包人对承包人申报的结算价款的同意与否是否作了答复。而且，如果发包人不同意结算，要注意其限制条件是“没有正当理由”。如果发包人有正当的理由没有同意承包人的结算，则不能当然视为“不予答复”。
问题五：签订合同时无设计图纸,是边设计边施工的合同，但合同又约定了"一口价"，那么结算工程款发生争议时，是依据解释第22条，不予对工程造价进行鉴定，还是依据解释第16条2款，参照定额重新审价
答：这种既没有设计图纸，也没有计价的设计依据，却又以固定价格承发包工程的情况是根本违反建设程序中的基本规则的。我认为，如果实际情况就是如此，则应适用按实结算的原则，即按《司法解释》第16条的规定处理。只要干活了，就要计价。边施工边设计的工程，施工中的图纸就是你的计价图纸，如果没有设计图纸就按照承包人实际施工量来计算对价。这种所谓的"一口价"是没有标的的，如果在确定“一口价”的时候没有任何图纸，那就没有包干依据，应当全部打开，予以鉴定，对实际发生的工程量计价，叫做"约而不定，包而不实"，因为包干的标的就是设计图纸。如果确定“一口价”的计价方式时没有图纸，那么就只能按照施工过程中提供的图纸来按实计算。
问题六：合同没有约定计息，但有滞纳金计付标准，可以吗 《司法解释》第17条规定：当事人对工程欠款利息计付标准有约定的，按约定处理。如果当事人在合同中没有约定利息计付标准，而约定了滞纳金计付标准，对于这种情况如何适用 标准是否有限制
答：这里有很多个概念，利息、滞纳金、违约金、赔偿金、双倍利息等等，这和《合同法》有关违约责任的规定是相符的。违约责任的承担方式基本有两种，一种是补偿性的，一种是惩罚性的。当事人可以根据合同的具体情况自由约定刚才说的这几种违约责任的承担方式。问题是所涉及的利息和滞纳金标准，如果当事人对这两种违约金有具体约定都要从约定。此外还有个法律问题，当事人约定了比较高的违约金后，当需要依约定追究责任时一方当事人认为约定的标准过高要求降低的，按《合同法》第114条规定是可以申请人民法院或仲裁庭降低的。至于是否降低，如何降低，则要由双方各自举证以影响法官或仲裁员的自由心证。因此关于标准的高低应从合同的具体情况出发由当事人自己约定，就标准而言不应该有限制，只要当事人自己有约定即可。